Príbeh hry Far Cry 3 ťa zavedie do kože Jasona samotára, ktorý je v pasci na tajomnom ostrove odrezanom od civilizácie. Jeho čln sa potopil, priateľka zmizla a ostrov sa hemží modernými pirátmi, drogovými dílermi a priekupníkmi so zbraňami. Má pri sebe fotoaparát, ktorý používa na zachytenie šialeností vo svojom okolí. Čoskoro ale príde na to, že ak chce prežiť, nebude mať inú možnosť, ako tiež siahnuť po zbrani a pre prežitie a záchranu svojej priateľky začať zabíjať.